Henrik Wahlgren studierte von 1985 bis 1990 bei Alf Nilsson an der Hochschule für Musik in Stockholm. Von 1989 bis 1993 war er Mitglied des Gustav Mahler Jugendorchesters und wurde von 1991 bis 1993 vom Sinfonieorchester der Stadt Norrköping engagiert. Anschließend studierte er von 1993 bis 1995 bei Günther Passin an der Hochschule für Musik und Theater München. Von 1994 bis 1997 war er Solo-Englischhorn des Gewandhausorchesters Leipzig, bevor er bis 1999 von der Staatskapelle Dresden als Solo-Oboist eingeladen wurde. Seit 1999 ist er Solo-Oboist des Gewandhausorchesters Leipzig. Als leidenschaftlicher Kammermusiker ist er Mitglied des Ensembles armonia. Seit 2014 wird er regelmäßig als Dozent für die Holzbläser des Gustav Mahler Jugendorchesters eingeladen.