Helmut Zehetner studierte Violine an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien (MDW) bei Franz Samohyl und schloss sein Studium 1980 ab. Außerdem studierte er Komposition bei Friedrich Neumann und Dirigieren bei Karl Österreicher und Otmar Suitner und erhielt sein Diplom 1982.

Seit 1980 ist er Geiger im Orchester der Wiener Staatsoper und wurde 1983 Mitglied der Wiener Philharmoniker. Er spielte über 15 Jahre lang als Stimmführer der 2. Violinen und trat als Solist und Dirigent mit zahlreichen internationalen Kammerorchestern auf.

Während seines Studiums gründete er mehrere Jugendorchester und organisierte und leitete Kurse bei Sommerakademien. Seit 1985 ist er Dozent für Orchesterpraxis an der MDW. Er dirigierte viele Konzerte mit der Webern Sinfonietta und bereitete das Webern Symphonie Orchester auf Dirigenten wie Riccardo Muti, Pierre Boulez, Franz Welser-Möst, Kirill Petrenko, Bertrand de Billy, Claudio Abbado, Mstislaw Rostropovich und Zubin Metha vor. Er etablierte seinen eigenen Zyklus mit dem Webern Symphonie Orchester im Wiener Musikverein.

Seit 1997 ist er Leiter der Streicherabteilung des Internationalen Orchesterinstituts Attergau, das unter der Schirmherrschaft der Wiener Philharmoniker steht und begabten Studierenden die Möglichkeit gibt, mit der Wiener Klang- und Spieltradition in Berührung zu kommen. Im März 2008 wurde er zum Professor an der MDW ernannt.