Seit 2013 ist Baeza-Rubio Chefdirigent des Berlin Opera Chamber Orchestra. Als Musikalischer Leiter des Kammerensembles Modern der Deutschen Oper Berlin dirigierte und spielte er über 20 Jahre zeitgenössische Musik in ganz Europa und ist für fast sechzig Uraufführungen verantwortlich. Seit 2009 ist Baeza-Rubio künstlerischer und musikalischer Leiter des Almansa International Music Festival.

Baeza-Rubio studierte Dirigieren bei Jorma Panula und wurde stark von Lorin Maazel und vor allem von Claudio Abbado beeinflusst, mit dem er intensiv zusammenarbeitete. Er erhielt zahlreiche Ernennungen, Preise und Auszeichnungen als Interpret und Dirigent sowie Anerkennung für seine kulturelle und pädagogische Arbeit in Spanien und im Ausland. Seit 2010 ist er Fakultätsrat und Jurymitglied der Humboldt-Stiftung und seit 2012 Dozent und Jurymitglied des Gustav Mahler Jugendorchesters.